Nach mehreren vorromanischen und romanischen Bauphasen wurde im 15. Jahrhundert unter Abt Benedikt Eck die heutige gotische Kirche erbaut. Die Hauptweihe ist mit 1487 überliefert. Der dreischiffige gotische Kirchenraum gehört zu den hervorragendsten und größten Baudenkmälern Österreichs. Von der ursprünglichen Einrichtung ist nur mehr das spätgotische Sakristeiportal erhalten, vom künstlerisch bedeutenden Flügelaltar befinden sich noch einige Tafelbilder in Museen und im Privatbesitz. Im Bereich der ersten vier Kirchenjoche ist der ursprüngliche hallenartige Charakter der Kirche noch völlig vorhanden, in die vorderen Seitenschiffe wurden barocke Gewölbe eingezogen. Nach dem Brand der Kirche von 1774 erhielt die Kirche das heutige Mansardendach, wodurch die oberen Fenster des Mittelschiffes ihre Lichtführung verloren und zugemauert wurden. 1626 errichtete Hans Waldburger den frühbarocken Hochaltar, ab 1680 stattete Meinrad Guggenbichler das Gotteshaus mit 7 Altären aus. Er blieb bis zu seinem Tod im Jahr 1723 schaffend in Mondsee und zählt zu den größten Bildhauern des österreichischen Spätbarock. Unter dem vorletzten Abt des Klosters Bernhard Lidl (1729-73) erlebte die Klosterkirche künstlerisch einen letzten Höhepunkt. Er ließ die Doppelturmfassade bauen und beauftragte den Nachfolger Meinrad Guggenbichlers Anton Koch mit der Errichtung von vier Altären. An den Kirchenwänden sind zahlreiche Äbtegrabsteine aufgestellt. Künstlerisch hervorragend ist beispielsweise jener des Kirchenerbauers Abt Benedikt Eck (1463-99). Im Mittelschiff erinnert ein Stein an den 1145 ermordeten seligen Abt Konrad.